宅基地和房屋不是同一人所有时，确权过程中可能面临以下法律风险，需提前防范。1.权属争议导致确权停滞风险：例如，宅基地使用权人主张房屋为非法占用建造，向登记部门提出异议，导致房屋确权申请被暂停；或房屋所有权人认为宅基地使用权已通过赠与转移，与原使用权人产生争议，需通过行政或司法程序解决，延长确权周期。2.证据不足导致确权失败风险：例如，房屋建造人无法提供宅基地使用权人同意建房的证明，或宅基地使用权人无法提供土地权属来源证明，登记部门因证据链不完整驳回确权申请，导致无法取得合法权属证明，影响后续房屋的转让、继承或拆迁补偿。
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宅基地和房屋不是同一人所有的情况下，以下特殊情况会对确权流程产生影响，需重点关注。1.宅基地或房屋存在抵押、查封等权利限制：若宅基地已被抵押给金融机构，或房屋因债务纠纷被法院查封，根据《不动产登记暂行条例》第二十二条，登记部门会暂缓确权，需先解除抵押或查封，才能继续办理确权手续，否则无法完成权属登记。2.涉及集体成员资格变动：若宅基地使用权人因户口迁出丧失集体成员资格，而房屋所有权人仍为集体成员，根据《土地管理法》第六十二条，宅基地需由集体收回，但房屋作为合法财产可由所有权人继续使用，此时确权需先明确宅基地的收回或保留政策，再办理房屋所有权登记，流程会更复杂。3.历史遗留的“地房分离”情形：如土改时期分配的宅基地与房屋分属不同家庭，且无明确权属证明，需依据当地历史遗留问题处理政策（如村集体证明、老档案查询）补充材料，确权流程会因政策差异而调整，耗时更长。
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针对宅基地和房屋不是同一人所有的情况，确权需先明确两者的权属关系再分步骤办理。宅基地和房屋分属不同主体时，需先厘清土地与房屋的权属关联，再按法定流程分别或联动确权。1.若宅基地使用权人合法取得土地，房屋为他人合法建造（如继承、赠与）：需先由房屋建造人持宅基地使用权人同意建房的证明、房屋建造材料等，向不动产登记部门申请房屋所有权初始登记，再由宅基地使用权人同步申请宅基地使用权确权，最终形成“地权人+房权人”分离的权属登记。2.若宅基地使用权与房屋所有权存在权属争议（如宅基地被他人占用建房）：需先通过协商、调解或土地权属争议处理程序（向乡级政府或县级自然资源部门申请处理）明确宅基地权属，再依据宅基地确权结果，由房屋建造人提供合法建房依据（如审批手续）申请房屋确权，或由宅基地使用权人主张房屋返还并重新办理确权。3.若房屋为历史遗留建筑（无建房审批但长期存在）：需先由宅基地使用权人完成宅基地确权，再由房屋实际所有人向当地政府申请历史遗留房屋认定，经审核符合条件的，可办理房屋所有权登记，形成“地房分离”的确权结果。
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关于宅基地和房屋分属不同主体的确权，我国《土地管理法》《不动产登记暂行条例》等法律法规有明确规定。根据《中华人民共和国土地管理法》第十二条：“土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。”《不动产登记暂行条例实施细则》第四十条：“依法取得宅基地使用权，可以单独申请宅基地使用权登记。依法利用宅基地建造住房及其附属设施的，可以申请宅基地使用权及房屋所有权登记。”对于宅基地和房屋分属不同主体的情况，若宅基地使用权人合法取得土地（如持有宅基地使用证），房屋建造人持有合法建房手续（如乡村建设规划许可证），则可分别申请宅基地使用权与房屋所有权登记，形成“地权”与“房权”分离的权属证明；若存在权属争议，依据《土地管理法》第十四条，需先由乡级或县级政府处理争议，确权宅基地权属后，再按《不动产登记暂行条例》第十六条要求提交材料（如宅基地使用权证明、房屋建造材料）办理房屋确权，最终确认两者的权属关系。

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